এক-এগারো সরকারের সবচেয়ে আলোচিত কার্যক্রম ছিল দুর্নীতিবিরোধী অভিযান। বহু শীর্ষ রাজনীতিবিদ, ব্যবসায়ী ও আমলাকে গ্রেপ্তার করা হয়। বিশেষ কারাগার, জিজ্ঞাসাবাদ, রিমান্ড—এসব বিষয় তখন ব্যাপক আলোচনায় আসে।
ওই বিশেষ অভিযান নিয়ে বিতর্কও ছিল। অভিযোগ ওঠে, অনেক গ্রেপ্তারে যথাযথ আইনি প্রক্রিয়া অনুসরণ করা হয়নি, জিজ্ঞাসাবাদের সময় চাপ প্রয়োগ করা হয়েছে, কিছু ব্যবসায়ীর কাছ থেকে অর্থ নেওয়ার অভিযোগও ছিল। মাসুদ উদ্দিন টাস্কফোর্সের প্রধান ও সেনাবাহিনীর নবম ডিভিশনের জিওসি থাকা অবস্থায়ই তাঁর বিরুদ্ধে কিছু দুর্নীতির অভিযোগ উঠেছিল। এসব অভিযোগকে কেন্দ্র করে পরে জনপরিসরে মাসুদ উদ্দিন চৌধুরী বিতর্কিত হয়ে ওঠেন।
একপর্যায়ে তৎকালীন সেনাপ্রধান জেনারেল মইন উ আহমেদের সঙ্গে কিছু বিষয়ে মাসুদ উদ্দিনের মতভেদ দেখা দেয়। এরপর ২০০৮ সালের ২ জুন তাঁর চাকরি পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ে ন্যস্ত করে সেনাবাহিনী থেকে সরিয়ে দেন মইন উ আহমেদ। এরপর ২ সেপ্টেম্বর তাঁকে অস্ট্রেলিয়ায় বাংলাদেশের হাইকমিশনার নিযুক্ত করা হয়। পরবর্তী সময়ে আওয়ামী লীগ সরকার তিন দফায় তাঁর চাকরির মেয়াদ বৃদ্ধি করে। অবসর গ্রহণের পর তিনি ঢাকায় একাধিক ব্যবসায় যুক্ত হন।